Просят указать где учился - надо указать. Правильным, пожалуй, будет следующий вариант: одна строка таблицы - первый институт, следующая - второй, оконченный. В первой строке в последней колонке ("полученный документ об образовании") написать например "N/A (transferred to the below institute).
Нет ничего страшного в факте перевода из института в институт; задача только в том, чтобы это понятно показать. Можно пару строк посвятить этому в cover letter. А документами подтверждать в данном случае первый институт не обязательно - ведь есть же документ об образовании из второго. Во-первых, в нём написана дата поступления. Во-вторых, подразумевается, что раз диплом выдан, то курс закончен как положено, даже пусть и с переводом.